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入侵種對(duì)生態(tài)系統(tǒng)的影響主要表現(xiàn)在與本地物種爭(zhēng)奪資源和改變環(huán)境條件等方面。
入侵種搶占本地物種生態(tài)位。外來(lái)物種在利用必不可少的資源方面常常勝過(guò)本地物種，使本地物種被排斥，從而改變生態(tài)系統(tǒng)的組成、結(jié)構(gòu)和功能。例如，由于可以更有效地覓食，來(lái)自北美的灰松鼠正在取代英國(guó)本地的松鼠。
入侵種改變環(huán)境條件。入侵種通過(guò)對(duì)環(huán)境的改變（如遮蔭、改變土壤或水體的酸度，影響生態(tài)系統(tǒng)過(guò)程（如
能量流動(dòng)、物質(zhì)循環(huán)等），從而不利于本地物種的生長(zhǎng)。20世紀(jì)60年代，云南昆明的滇池原有水生植物16種、水生動(dòng)物68種，自從引進(jìn)鳳眼蓮（即水葫蘆）后，本地物種數(shù)量急劇下降，到80年代，大部分水生植物相繼消亡，水生動(dòng)物也僅剩下30種。
入侵種造成本地物種的遺傳污染。入侵種侵入后與本地物種雜交，從而使一個(gè)本地基因庫(kù)淹沒(méi)于外來(lái)基因之中，消除了本地物種的獨(dú)特性，并侵蝕該物種的遺傳多樣性，有時(shí)這種雜交還可能產(chǎn)生新的入侵種。如我國(guó)北方海區(qū)的蝦夷扇貝可與本地物種櫛孔扇貝雜交，從而威脅櫛孔扇貝的生存。