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(1)繁育系統(tǒng)
交配方式的影響表現(xiàn)在隨著植物自交(近交)率的提高,其群體遺傳多樣性呈遞減的趨勢。交配方式也會(huì)對植物群體遺傳結(jié)構(gòu)產(chǎn)生影響,以自交(近交)為主的物種,其遺傳多樣性主要存在于種群之間,
異交物種遺傳多樣性以種群內(nèi)為主;傳粉(種子)方式是影響遺傳多樣性的另外一個(gè)繁育系統(tǒng)因素,植物花粉與種子類型、散布方式和散布范圍會(huì)對遺傳多樣性造成影響。例如,風(fēng)媒傳粉(散播種子)的植物與蟲媒傳粉(動(dòng)物散播種子)的植物相比花粉(種子)的傳播距離遠(yuǎn),由其介導(dǎo)的基因流相對較高,遺傳多樣性也相應(yīng)會(huì)高
(2)遺傳漂變
遺傳漂變會(huì)引起等位基因的丟失或固定,從而導(dǎo)致群體遺傳多樣性的降低,遺傳漂變速率與群體有效種群大小成反比。大多數(shù)外來入侵物種、引種植物、海島域物種會(huì)表現(xiàn)出明顯的種群遺傳瓶頸或“奠基者效應(yīng)”。
(3)自然選擇
自然選擇是導(dǎo)致種群遺傳變異的主要因素之一，自然選擇會(huì)增加植物種群不同個(gè)體基因型的繁殖分化,對植物表型性狀遺傳多樣性的影響作用非常明顯。自然選擇壓力越大,遺傳多樣性越豐富。
此外,氣候變遷、生物入侵等也給生物遺傳多樣性帶來巨大影響