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由于地下水賦存于巖土介質(zhì)的空隙中，過濾作用會將大部分微生物去除。一般只有少量非常細(xì)小的微生物如細(xì)菌、病毒存在于地下水中。少數(shù)情況下可以有肉眼能夠觀察到的寄生蟲或其他的小型生物。未遭受污染的地下水一般是清潔的，其中存在的少量微生物一般不會引起較大危害。
我國居民飲用開水的習(xí)慣也會在很大程度上減少微生物所引起的危害。但是，受到污染的地下水中的細(xì)菌病毒可能引起疾病。受污染地下水中常見的微生物是腸道病原菌，主要來自化糞池、生活污水池、垃圾填埋場，以及污水排放系統(tǒng)等污染水體滲漏。